Ο κύριος στόχος του έργου είναι να διευκολύνει την εφαρμογή της οδηγίας για τη θαλάσσια στρατηγική (MFSD, 2008/56 /EC), σύμφωνα με το άρθρο 11 σχετικά με τη συνεχή παρακολούθηση και την αξιολόγηση της περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων περιοχών που βρίσκονται υπό τη δικαιοδοσία της Ελληνικής Δημοκρατίας. Σύμφωνα με τις απαιτήσεις της εφαρμογής MSFD (οδηγία πλαίσιο για τη θαλάσσια στρατηγική) στα ύδατα της ΕΕ, τα Κράτη Μέλη (ΚΜ) πρέπει να ολοκληρώσουν μια πρώτη αξιολόγηση των θαλάσσιων υδάτων τους και να καθορίσουν την περιβαλλοντική τους πολιτική. Ένας ενδεικτικός κατάλογος των χαρακτηριστικών συμπεριλαμβανομένων των φυσικών, χημικών και βιολογικών παραμέτρων δίνονται στην οδηγία για την αρχική αξιολόγηση της περιβαλλοντικής κατάστασης.
Μια σημαντική πρωτοβουλία για την παρακολούθηση σε πραγματικό χρόνο στην Ανατολική Μεσόγειο και ιδιαίτερα στις ελληνικές θάλασσες είναι το σύστημα ΠΟΣΕΙΔΩΝ (www.poseidon.hcmr.gr) το οποίο έχει συμμετάσχει σε Ευρωπαϊκές δραστηριότητες στην Επιχειρησιακή Ωκεανογραφία για περισσότερα από 15 χρόνια. Το δίκτυο παρακολούθησης ΠΟΣΕΙΔΩΝ αποτελείται από παράκτια και ανοικτής θάλασσας Eulerian παρατηρητήρια τα οποία παρακολουθούν ένα πλήθος ατμοσφαιρικών και θαλάσσιων φυσικών και βιοχημικών παραμέτρων. Η καταγραφή ενός αριθμού παραμέτρων σε συγκεκριμένες θέσεις για μεγάλο χρονικό διάστημα παρέχει πληροφορίες για την εποχική και ετήσια μεταβλητότητα τους, και αποτελεί προστιθέμενη αξία συμβάλλοντας έτσι στην εφαρμογή της MFSD. Επιπλέον, η μετάδοση δεδομένων σε πραγματικό χρόνο εξελίσσει τις δυνατότητες πρόγνωσης και αποτελεί πρόσφορο έδαφος για την εφαρμογή της MFSD.
Σύμφωνα με το παραπάνω πλαίσιο, το έργο σκοπεύει να αναλάβει και να υλοποιήσει συγκεκριμένες δραστηριότητες σε επιλεγμένες περιοχές, με επίκεντρο το σχεδιασμό και την εγκατάσταση νέων αισθητήρων στα πολύ-παραμετρικά αγκυροβόλια ανοιχτής θάλασσας αλλά και τους παράκτιους σταθμούς που βρίσκονται σε συγκεκριμένες θαλάσσιες ζώνες. Σχεδιάζει επίσης την ενσωμάτωση συστημάτων όπως είναι η υποβρύχια ακουστική, η οποία θα παρέχει πληροφορίες για αλιευτικούς σκοπούς όπως για παράδειγμα η εκτίμηση των αλιευτικών αποθεμάτων αλλά και δεικτών αλιείας, που εξυπηρετούν τους σκοπούς της MSFD και την οικοσυστημική προσέγγιση της αλιείας, όπως είναι η πρόσληψη ψαριών, οι αλληλεπιδράσεις θηρευτών-θηραμάτων και ο υπολογισμός της αφθονίας του ζωοπλαγκτόν.